Na płaskowyżu nad Prądnikiem, między dolinami Ojcowa i Korzkwi, znajdowała się osada, którą nazwano Smarszowice lub Smarzowice. Dzisiejsza nazwa Smardzowice utrwaliła się dopiero w XIX wieku.
Pierwszą wiadomość o miejscowości znajdujemy w życiorysie biskupa krakowskiego Iwona z 1231 roku. Następna pochodzi z 1322 roku, kiedy to biskup krakowski Nanker, w związku z uposażeniem kaplicy św. Małgorzaty na Wawelu, wspomina o wsi Cianowice, leżącej „prope Smarsovic”.
Początkowo Smardzowice stanowiły własność biskupów krakowskich, lecz na mocy układu biskupa Bodzanty z królem Kazimierzem Wielkim (rok 1354) zostały włączone do królewszczyzn i należały do starostwa ojcowskiego.
Nie znamy dokładnej daty powstania parafii. Na podstawie dokumentu biskupa Nankera można wywnioskować, że na początku XIV wieku Smardzowice były już znaczną wsią, skoro w odniesieniu do niej określono położenie innych miejscowości. Znaczenie miejscowości potwierdzają także wykazy świętopietrza z 1325 roku. Skąd można wywnioskować, że parafia istniała już w XIII wieku.
Smardzowice należały najpierw do dekanatu prandocińskiego (ok. 1325 roku), od ok. 1335 roku do wysocickiego, a następnie do archidiakonatu rakowickiego. Od początku XVI wieku stały się częścią dekanatu skalskiego, po 1865 roku olkuskiego, a potem od 1918 roku włączono je do dekanatu zadroskiego, wreszcie po 1925 roku do sułoszowskiego. O rozległości parafii dowiadujemy się od Długosza. Wtedy należały do niej wsie: Cianowice, Szczodrkowice i Wielka Wieś.
Pierwszego spisu ludności parafii dokonano w 1662 roku. Parafia liczyła wówczas 470 osób. W pierwszej połowie XVIII wieku przyłączono do parafii Smardzowice miejscowości Prądnik z zamkiem w Ojcowie i wieś Maszyce. W 1783 roku parafia smardzowicka liczyła 800 wiernych, a sto lat później (w 1895 roku) – 2534. W skład parafii wchodziły wówczas wsie: Aleksandrodar, Cianowice, Kolęcin, Maszyce, Niebyła, Ojców, Prądnik Ojcowski, Prądnik Czajewski, Prądnik Korzkiewski, Smardzowice, Szczodrkowice i Świńczów.
Pierwszą wzmiankę o proboszczu smardzowickim znaleźć można w dokumencie z 1399 roku. Proboszczami w Smardzowicach w XVIII i XIX wieku byli rektorzy i profesorowie Akademii Krakowskiej.
Od początku XVI wieku w Smardzowicach istniała szkoła, którą opiekowali się proboszczowie, a prowadził ją nauczyciel z tytułem rektora. Obok kościoła stał także dom zwany szpitalem, a właściwie przytułkiem dla 24 biednych. Po rozbiorach Austriacy zlikwidowali tę placówkę, budując w tym miejscu nową szkołę.
